Il C.N.G.E.I. è un'Associazione di Promozione Sociale democratica con poteri di libera scelta e di autodeterminazione, secondo gli indirizzi dettati dall'Assemblea Nazionale e nel rispetto dei principi contenuti nello Statuto, ed è guidata dal Consiglio Nazionale.
 
L'Associazione è composta da tutti gli appartenenti alle Sezioni affiliate, dislocate sul territorio nazionale e l'Assemblea è composta da rappresentati di ognuna di queste.
L'Assemblea è il massimo organo deliberatorio del C.N.G.E.I. e si riunisce normalmente una volta all'anno per discutere sulla relazione tecnico-morale e finanziaria, per verificare le necessità, i cambiamenti, i problemi, per confrontarsi sul passato, sulle proposte, sulle linee d'azione e su ogni questione posta all'ordine del giorno.

Il Consiglio Nazionale è l'organismo deputato a gestire l'Ente dal lato tecnico, metodologico, amministrativo e patrimoniale e ne relaziona l'andamento all'Assemblea.  Il Consiglio Nazionale è composto da undici membri compresi Capo Scout e Presidente nazionale. Ogni tre anni tutti i soci  adulti che lo desiderano possono candidarsi a tali cariche, ma l'idoneità a ricoprirle verrà decisa elettivamente dall'Assemblea Nazionale.
Tutta l'associazione si muove in rispetto dello Statuto e del Regolamento generale tuttavia il Consiglio Nazionale si adopera affinché quest'ultimo venga rivisto ed adeguato alle crescenti necessità tecniche dell'Ente.

Presidente
Il/la Presidente ha la firma sociale, i poteri di delega e la rappresentanza legale dell'Associazione.

Capo Scout
Il/la Capo Scout ha la direzione tecnica dell'Associazione. E' responsabile, nei confronti dell'Assemblea e degli Organi Scout Internazionali, degli aspetti metodologici e programmatici del C.N.G.E.I.

Il Collegio dei Revisori dei Conti
ha il controllo della gestione contabile del C.N.G.E.I.

La Commissione di Vigilanza e controllo
ha il compito di vigilare sull'osservanza dello Statuto dell'Associazione e delle Leggi dello Stato.

Il Giurì d'onore
Il GIDO è l'organo giudicante dei provvedimenti disciplinari nei confronti dei soci.

Organi Nominati
I Commissari Nazionali alle Branche
Sono organi tecnici proposti dal CS al CN per la designazione al P che li nomina formalmente. I compiti di maggior rilievo sono:

a) collaborano con il CN tramite il CS per la parte tecnica di loro competenza;
b) sovrintendono al buon funzionamento ed allo sviluppo della branca, servizio o settore di competenza;
c) studiano l'evoluzione del metodo e le nuove applicazioni che esso comporta;
d) mantengono l'aggiornamento sui programmi delle altre associazioni e degli Uffici Mondiali e Regionali Scout;
e) preparano e sottopongono al CS i programmi delle attività a carattere nazionale;
f) tengono i contatti con i Capi delle unità interessate;